【Accept】アキレス腱付着部症に対する内視鏡手術

論文日記

概要

当院で行っているアキレス腱付着部症に対する内視鏡手術の論文です。2022-4-25に雑誌Arthroscopy, Sports Medicine, and Rehabilitation(ASMAR)に無事アクセプトされました(論文はこちら)。

経過

2021-3-19:着手。 

2021-3-24:文献の表を作る。 

2021-3-25:文献整理のためにMendeleyを導入。 

2021-3-26:研究計画書の提出。 

2021-3-30:文献検索 

2021-4-18:質問票の作成。評価項目はVAS、JSSFとVISA-Aに。 

2021-4-19:質問票の作成。 

2021-4-20:Mendeleyで文献読み。 

2021-4-22:住所録作り。術前の状態をEXCEL入力。質問票の作成。Amazonから封筒などが届く。 

2021-4-27:アンケート封筒準備。 

2021-4-28:アンケート郵送の準備。 

2021-4-29:祝日を利用して、アンケート郵送袋詰め。足底腱膜炎のアンケートと合わせて7時間。 

2021-5-7:アンケート返送が次々に届く。

2021-5-17:アンケートの点数化。 

2021-5-23:文献のPDF化 。

2021-5-27:文献のPDF化 。

2021-5-28:Mendelely読み 。

2021-5-31:Mendeley読み。総説。  

2021-6-7:データまとめ。

2021-6-8:データまとめ。

2021-6-28:データ整理、執筆。 

2021-6-29:データ入力。 

2021-7-31:データ解析。 

2021-8-1:データ解析。8月中に出そうと決意。 

2021-8-2:方法の部分を執筆。 

2021-8-3:データの読み返し。VISA-Aも追加できるか検討。 

2021-8-4:アンケートの点数化。 

2021-8-5:執筆。 

2021-8-6:ほぼ執筆終了。 

2021-8-7:引用文献の選定。

2021-8-8:画像作成。

2021-8-9:画像作成。Illustratorを初めて使用。 3Dペイントよりずっと便利。

2021-8-10:原稿の推敲。 

2021-8-11:原稿の推敲。Kindle足の外科教科書でのキーワード検索。 

2021-8-12:原稿の推敲。Kindle内のMann、Campbell、統計の本のキーワード検索を使って。 

2021-8-13:原稿の推敲。引用文献部(最終)。著者+発行年度の記載で楽に。 

2021-8-14:原稿の最終的なチェック。 

2021-8-15:Abstractを作成。

2021-8-16:グラフの作成。EZRからIllustratorに張り付けて作成。 グラフというのは作成者が意図の反映なのだから、自動的に作成してくれるソフトでなく、Illustratorで強調部分を考えて作る方がよいのだと分かる。

2021-8-17:英語添削会社Enagoに提出。 

2021-8-18:AJSMへ提出に必要な書類の整理 。

2021-8-21:AJSMに提出。提出の煩雑さに嫌気がさす。 

2021-9-10:AJSMからreject通知(査読に回される前の門前払い)。「サンプルサイズが小さく限られた読者にしか興味がない」ため。

2021-9-12:Arthroscopyに提出するために原稿の手直し。 

2021-9-13:Enagoに提出 。

2021-9-17:Enagoから返却。Arthroscopyに投稿。 

2021-11-6:Decision in Processからwith Editorに。

2021-11-16:再びDecision in Processに。

2021-12-30:雑誌ArthroscopyからRejectの通知メールが届くも、姉妹雑誌のArthroscopy, Sports Medicine, and Rehabilitation(ASMAR)へのRevisionに招待される。Arthroscopyの姉妹雑誌だし、PubMedにも載るし、格安でOpen accessになるので喜んで受諾。

2022-1-1:査読内容のチェック開始。

2022-1-2:査読コメント読む。論文の書き方に関して多くの修正は求められるも、論文そのものに含まれる大きな問題点は指摘されなかった。ということは、ArthroscopyにRejectされてASMARに回った理由は、ひとえに研究デザインが「ケースシリーズ」だということのよう。

2022-1-3:査読コメントの再読と対応の検討。

2022-1-5:査読コメントの再読と対応の検討。

2022-1-6:査読コメントの再読と対応の検討。論文作成の過程で今がいちばんきついとき。

2022-1-10:査読コメント再読と対応の検討。しばらく空いてしまったが、そろそろ本気で取り掛からないとまずい。。全部で54個の指摘。

2022-1-11:査読コメントに対する返答と論文の修正。

2022-1-12:査読コメントに対する返答の原稿づくり(日本語)。

2022-1-13:査読コメントに対する返答の原稿づくり(日本語)。

2022-1-14: 査読コメントの整理。整理したことで、54個のコメントに基づいて修正すべき点が一望できるようになってきた。

2022-1-15:査読コメントの見直し。どの順に対応するか検討。

2022-1-17:査読コメントに対応した論文の修正。

2022-1-18:査読コメントに対応した論文の修正。いよいよ本格的に修正の開始。

2022-1-19:査読コメントに対応した論文の修正。2時起床。論文がはかどるかどうかは、ひとえにどれだけ早起きできたかによる。

2022-1-20:査読コメントに対応した論文の修正。どう修正するか考える時間が必要なため、すぐに修正できないことも多い。

2022-1-21:査読コメントに対応した論文の修正。Discussionは大幅修正のため段落構成を組み直し。

2022-1-22:論文の修正すべき箇所をもう一度まとめ直し。複数の査読者から似たような指摘を受けているので、整理をしないとわからなくなる。

2022-1-23:修正すべき箇所を、Abstract, Introduction, Methods, Results, Discussionごとにまとめ直し。手あたり次第修正して、セクション内のバランスが崩れるのは避けたい。

2022-1-24:各セクションごとの修正箇所の確認。統計的な修正箇所の勉強。

2022-1-25:統計的な修正箇所の勉強。MCID(minimal clinically important difference)とPASS(patient acceptable symptomatic state)のデータを出すよう要求された。MCID、PASSともに初めて聞く言葉。MCIDはスコアの差の1/2標準偏差を超える改善を示すサンプル数の割合、PASSは最終的に手術してよかった思っている患者さんの臨床評価値(VASとか)の75パーセンタイルの値で、それを達成したサンプルの割合で示すらしい。

2022-1-26:論文の修正。各セクションごとに修正箇所をまとめたのが有効。修正すべきことが一望できる。MCIDとPASSについて文献検索。記載の仕方を参考にしたり、引用文献に載せたり。

2022-1-27:Discussionの大幅な書き換え。

2022-1-28:Discussionの英語の手直し。各段落ごと。

2022-1-29: Discussionの英語の手直し。各段落ごと。

2022-1-31: Discussionの英語の手直し。各段落ごと。

2022-2-1: Discussionの英語の手直し。各段落ごと。 最終段落。

2022-2-2:Discussionの見直し。英語がアメリカ人好みの論理的な文になっているかどうかが気になる。

2022-2-3:載せるように言われた図と表の作成。図の説明。

2022-2-4:方法の記述のしかたを見るため、ASMARの他の論文を読む。open accessなので自由に読めるのが便利。

2022-2-5:ASMARの他の論文読み。Case-series自体少ないため、まだこれと言った論文に出合わない。

2022-2-6:ASMARの他の論文読み。形式では参考になることがあるも、MCIDやPASSを使った論文には出合わず。しかたないので、PubMedで、これまでASMARでPublishされた論文のうち、MCIDやPASSを使っている論文を調べると、3個しかない。これでは出合わないはず。1つ1つ拾ってMendeleyへ。

2022-2-7:MCIDとPASSを取り扱った論文読み。どう解析すればいいのか、まだピンと来ていない。

2022-2-8:MCIDとPASSを取り扱った論文読み。もう一度患者さんにアンケートを出す必要があるかどうかの判断のため、もう少し理解を深める必要あり。PASSのthresholdの算出に、ROC曲線を利用するというのもよくわからない。

2022-2-9:一日経ったらPASSの閾値にROC曲線を使う理由もあっさり解決。閾値を厳しくすれば特異度は良くなるが感度は悪くなり、甘くすればその逆になる、そこでROC曲線を使って程よい閾値を選ぶ、というだけのことだった。ほかに、全サンプルのうち厳しめの値から75パーセンタイルの値を閾値にするという方法もあり、どちらにするかは決めかねる。患者さんにアンケートを再郵送する必要があるか検討するため、もう少しMCIDとPASSの論文読み。

2022-2-10:MCIDとPASSのキーワードで検索して出てきたopen accessの論文を読み続けているうちに、だいたいやりかたは理解できた。整形外科系の雑誌はあまりちゃんと統計手法が書かれていなかったが、Journal of Clinical Medicineに載っている論文はしっかりと記述されていたので、これを参考にすることに。患者さんからのアンケートを読み返したところ、ここからの情報で何とかなりそう。

2022-2-11:患者さんのアンケートを見て追加集計。術後の状態に満足しているかどうかを読み取ってyes/no評価し、それを用いてPASSを計算。75パーセンタイルによる算出法の方が簡単かと思いきや、ROC曲線の方が統計ソフト一発で出してくれるので楽。さらにMCID, PASS部の論文記述。

2022-2-13:一昨日の祝日に根詰めてやり、あまりに疲れたので16時から昼寝をしたら、起きたのが朝7時(笑)。なので昨日はやらずじまい。今日は気分新たにMCIDとPASSの追加計算。MCIDとPASSの文献を読み比べて、自分の論文での表現を推敲。

2022-2-14:ひとまず大きな訂正は終わったので、全体の通読。細かい点の修正。半分以上書き換えているので、一通り見直すだけでもすぐには終わらない。

2022-2-15:参考文献の整理。文献の順番の入れ替え・追加・整理しかしていないのに、優に3時間以上かかる。Wordの番号を振る設定がうまくできず(連番がどうやっても切れてしまう)。しかたなしに手書きで番号振り。図の番号の振り替え。追加を指摘された図も何とか入れられた。図の説明の追加。

2022-2-16:図の改訂。要求された図を載せるべく、今まで分けていた図を一つの図にまとめたり、内視鏡写真を差し替えて構造物に記号を振ったり。それに応じた図の説明の修正。とりあえず一通りの修正が終了。最終的な見直し:タイトル、アブストラクト、方法、結果のセクション。

2022-2-17:最終的な見直し:ディスカッション。文と文の関係を確認して、変な論理展開をしていないかチェック。図の説明も。原稿の修正は終了した。カバーレターと査読コメントに対する返答書き。

2022-2-18:査読コメントに対する返答書き。全部で54個。答えるのが難しい数個を除いてひとまず書いた。

2022-2-19:査読コメントに対する返答書き。残った面倒なお題も、朝だとすぐに対応する気になる。ひとまず終了。あとは査読コメントでの要求にちゃんと応えられているか、本文の修正箇所と返答を見直し。

2022-2-20:査読コメントの返答と修正箇所の見直し。①返答がコメントに対してちゃんと答えになっているかどうか、②本文の修正がコメントの要求に応じたものになっているかどうか、チェック。カバーレターの作成。以前他の論文で使ったカバーレターをちょっと書き直して使用。とりあえず終わったので、修正した原稿とカバーレター&査読コメントへの返答ファイルを、英語添削会社enagoに送った。何日かヒマになるので、足底腱膜炎の論文に移ることに。

2022-2-21:enagoからメールがあり、「英語の質に対するコメントを査読者からもらったことは、重要な懸念事項と考えています。調査部門で検討してから対応を提案します。」とのこと。しばらく時間がかかるかも。

2022-2-22:enagoからまたメールが来た。「前回添削した原稿(=雑誌に投稿した原稿)の中で2カ所小さな見逃しがあった」とのこと。これも踏まえて一昨日提出したファイルの添削を開始しますと。2/26が納品日。

2022-2-24:利益相反の開示フォームのPDFを編集できないようにせよ、とアシスタントエディターのコメントにあったので、添削が戻ってくるまでにやっておくことに。PDFについてもっと理解する必要あり。

2022-2-25:PDFファイルの「印刷」を押し、プリンタで”adobe PDF”を選択、そのまま印刷実行ボタンを押すと、別のPDFファイルの保存が要求される。このファイルがどうも編集不可能なPDFファイルらしい。容量を見ると1.2MBが100KBくらいになっている。おそらく印刷のために編集機能などをそぎ落としたファイルなのだろう。とりあえずこれで提出することに。

2022-2-27:enagoから返却された添削をチェック。ASMARから最初の投稿論文に対する変更履歴はすべて残すように指示されていて、今回のenagoの添削で、自分が変更した履歴の上にenagoによる変更履歴をどうかぶせるか興味津々だったが、見事に自分が変更した分の履歴は消されていた(笑)。まぁそういうのは仕方ないので、添削されてきた結果をもとの原稿に「自分で」書き加えることで、両方の変更履歴を残すようにしなければならない。

2022-2-28:原稿の修正。添削に従って。OneDriveとデスクトップ上のファイルの連携が不調らしく修正が反映されないため(いったん閉じて開くと直っていない)、同じ修正を4回繰り返し疲れ果てる。表現に関する修正点については終了(内容上の修正点はまだ)。

2022-3-1:今回の添削内に、査読者のコメントに対する修正の不備の指摘があった。査読者のひとりはおそらく英語非ネイティブ(他の箇所の英文法ミスから非ネイティブかと)で、コメントのひとつの英語が何を言っているのかよくわからず、おそらくこういうことを言っているのだろうと推察して対応したが、その推察が違っていたよう。添削者は、その査読者の言わんとするところを想像してくれていたが、そう言われれば確かにそう読める。その修正。

2022-3-2:ディスカッション内の、既存のHaglund変形に対する内視鏡手術と今回のアキレス腱付着部症に対する内視鏡手術の違いに関する記述がごちゃごちゃしていたので、その文の整理。自分の言うべき点が9個あり、それらの表現の仕方と文の順序を入れ替えた。いちおう納得できる形にはなったか。指摘された引用文献の欠落箇所の修正。

2022-3-3:アブストラクトが字数オーバーになっていたので、その短縮。略語はもとの形を書くべきだが、the Victorian Institute of Sport Assessment self-administered Achilles (VISA-A) questionnaire scoresとか書くと、それだけで7語も余計に取られてやってられない。スペルアウトしたところでVISA-Aの質問内容が分かるわけではないし、VISA-Aといきなり書いている論文のアブストラクトも多かったので(たぶん皆同じ悩みだろう)、スペルアウトしないで押し通すことに。enagoで直されるか。査読コメントへの回答ファイルもさらに修正し、再びenagoに添削依頼。3月6日朝6時に返却予定とのこと。

2022-3-6:今朝添削ファイルが返ってきたので、さっそくそれを見ながら原稿の修正。原稿が出来上がったところで、査読コメントへの回答ファイルに、原稿の中で各コメントに対する修正がどの部分かを示す行番号を記入。この行番号の記入でひどい目に遭った。提出原稿のWordファイルには修正履歴を含めるように言われているが、この修正履歴があると、Wordファイルの行番号が、表示する画面の大きさによって変わってしまう。査読コメント(54個)への回答ファイルに行番号を記入していって、後半になって何だかおかしいとようやく気付いた。どうしたら安定した番号になるのかと思って試行錯誤したところ、修正履歴を表示/非表示にすることができることに気づき、非表示にすると行番号が安定するとわかった。そこで、修正履歴を非表示にした状態で、行番号を全部振り直し。ようやく出来上がってASMARに投稿したところ、最後に再び査読者にまわるPDFファイル(修正原稿、図、査読コメントへの回答などがすべてひとつのファイルになったもの)を確認するのだが、そのファイルを見ると、原稿の修正履歴がすべて表示されている!…ということは、確認のPDFファイルを見るまで行番号は決まらない、ということではないか。吐き気を催しながら、そのPDFファイルを見つつ査読コメントへの回答ファイルの行番号をふたたび全部振り直し。その回答ファイルをアップロードしなおし、ようやく問題のない再提出PDFファイルになった。やっと再提出完了。計12時間かかった。とりあえず再提出できたので、明日からはまた足底腱膜炎の論文へ。

2022-3-7:昨日提出した原稿のPDFを再チェックすると、題名に関係するところで修正しきれていないところを4か所も発見。題名も含め、原稿に含まれるspur(骨棘)をすべてexostosis(骨の突出)に直すように編集長から言われていたが、初回に提出したときに提出サイト上に残っていた元の題名や、自分の出したタイトルページなどに直していないところを4か所も見つけてしまった。昨日のあの疲れ具合では仕方がないか。まぁ修正するチャンスはあるけれども。

2022-3-9:ASMARのサイトで自分の提出論文の進行状況をチェック。”Current Status”は”Revision Submitted to Journal”のまま。そうそうすぐに進むわけがないか。

2022-3-10:”Current Status”が”With Editor”に。早い。

2022-3-13:”With Editor”のまま。

2022-3-19:”With Editor”

2022-3-26:”MCID”、”PASS”、”治療成績”でGoogle検索すると、この論文日記が意外と上位に来る、という情報をget。やはり統計処理に悩む整形外科医は多いのだろう。そこでちょっと解説しておくと、まず「MCID(minimal clinically important difference)」とは、「手術で『改善』した患者さんの割合」を示す指標。術前・術後のスコアの差の標準偏差の1/2を計算し、それを超えて改善した患者さんの割合を出す。これは簡単。一方、「PASS(patient acceptable symptomatic state)」とは、「手術して現在『満足な状態』になっている患者さんの割合」を示す指標。いくら手術で症状が「改善」したからといって、それが「満足な状態」かどうかは別問題、ということで、MCIDとPASSは「相補的」な指標。「満足な状態」になっているかどうかだから、単に満足/不満足をアンケートして、それで割合を出せばよい、というの「ではなく」、満足/不満足という「主観的な指標」と、「実際のスコア」とを結びつけようとしたところが、このPASSの概念のすごいところ。すなわち、「満足/不満足」の結果を検査の「陽性/陰性」に見立て、それと実際の術後スコアとの「関係」を調べるべく、両者のデータをROC曲線を用いて解析(統計ソフトで計算)し、満足/不満足の「閾値」を算出(=感度+特異度がいちばん高いところを閾値とする)。そうして得られた閾値を超えてよくなった患者さんの割合を数える。なお、アンケートの手法として、「満足ですか不満足ですか」では極端すぎて患者さんは答えに困るので、「満足/やや満足/どちらでもない/やや不満足/不満足」の中から選んでもらい、上位2つを満足、それ以外を不満足とする。

2022-3-27:”With Editor”

2022-4-3:”With Editor”。あいかわらず遅い。

2022-4-10:”With Editor”。。

2022-4-12:”Current Status”が”Decision in Process”に。

2022-4-15:編集長からメール。前回のrevisionを”great job”と評価してもらった。あとは言い回しをこう修正せよとか、図に矢印を入れよとかいった”minor revision”を14カ所指摘されていた。アクセプトが見えてきた。

2022-4-16:本文を言われたとおりに修正。図は、もっとわかりやすくなるよう矢印やラベルを加え、図の説明は、本文を参照しなくてもそれだけで図を理解できるものにするよう、もっと詳しく説明せよ、とのこと。今回の修正のメインはこちら。

2022-4-17:図と図の説明の修正。編集長(者)の査読コメントに対する回答書き。カバーレターの作成。修正原稿・査読コメントに対する回答・カバーレターを、英語添削会社Enagoに提出。返却は4/19の15時半。

2022-4-19:水野記念病院から帰宅後、Enagoのサイトから添削された原稿と査読に対する回答ファイルをダウンロード。それを見ながら、提出原稿に修正履歴が残るようにしながら(ASMARの規定)修正を加え、原稿を完成。さらに、査読コメントに対する回答ファイルの添削から修正(添削)履歴を消して、提出用の査読コメントに対する回答ファイルを完成。今夜はASMARに提出する予定ではなかったが(夜に出す手紙はろくなことがないという経験から)、この時点でまだ19時過ぎ。これなら出せそうなので、提出ファイルをASMARのホームページにアップ、提出ファイルの確認のPDFを見たところ、案の定(2022-3-6と同様)、行番号がずれていたので、確認PDFで定まった原稿の行番号を見ながら、改めて査読コメントに対する回答ファイル中の行番号を書き直して再提出。再度確認してもとくに問題なさそうなのでそのまま提出した。今日の提出にかかった時間は1時間半。前回が12時間だったことを考えれば嘘のよう。とりあえず今回でアクセプトお願いします!

2022-4-21:”Current Status”は”Revision Submitted to Journal”。

2022-4-25:編集長からアクセプトのメール。”Current Status”が”Revision Submitted to Journal”だったので、また”With Editor”を経てどれだけかかるのかと思っていたら、いきなりアクセプトが来た。よかった。。
改めて論文日記を見直すと、着手したのはほぼ1年前だ。そのころはまだMendeleyも使っていなかったし、データ解析に2か月もかかっているし、グラフの描き方も知らなかったし、文献の効率的な引用の仕方も知らなかった。
手術のアイディアは斬新で治療成績がよいからすぐにアクセプトされるかと思いきや、そうではなかった。査読では、自分が無意識にスルーしていた論理的な抜けや矛盾を指摘されたり、考察すべきなのにしていないことを指摘されたり、図や図の説明の不親切さを指摘されたり、MCIDやPASSといった新たな統計指標を解析するよう言われたり、など徹底的に指摘されて、ずいぶんと鍛えられた。その意味でArthroscopyの編集者(ASMARと同じ)や査読者の方々には感謝してもしきれない。

2022-5-11:アクセプトのメールに「今の段階ではいつにpublishされるか伝えられない」と書かれてあったので、アクセプトからpublishまでにどのくらいかかっているかASMARの他の論文を調べたところ、だいたい2か月、長いと4か月くらいかかっていた。自分の論文も7-9月になりそう。

2022-5-14:Arthroscopyの編集者からメール。論文を出版社に送りましたと。あとはどのタイミングで出版されるか。

2022-5-23:Elsevierからメール。出版に当たって権利譲渡書にサインしたりなどしてくださいと連絡が来た。さっそく必要事項を記入、オープンアクセス料を支払い、終了。あとは出版を待つのみ。

2022-5-25:Elsevierからオープンアクセス料の領収書のメール。最近Elsevierから領収書ばかり送られてくる笑

2022-6-4:Elsevierから論文の校正に関する通知。48時間以内に校正して論文PDFを返信せよと。本文自体には修正するところがなかったが、利益相反がありになっていたので、それを訂正して返送。原稿が実際に出版される体裁になったのを見ると、いよいよpublishされるのだと実感する。

2022-6-10:Elsevierから「論文がとりあえずインターネットで見られるようになりました」とメール(論文はこちら)。引用の際必要な号や巻、ページ番号などは最終版ができあがってから決まるとのこと。早速見てみたが、訂正を依頼した利益相反ありの部分がPDF版で直っていない!おかげでせっかくの喜びも半減。訂正再依頼も面倒くさいし些細なことなのでまぁいいか。ASMARのサイトで自分の論文の近くにある他の論文を見渡す限り、共著者ゼロは他にないので、その点だけ満足。
自分のキャリアで代表作となりうる論文なので、publishがもっと感慨深いものになるかと思ったが、そんな感慨はみじんもなかった。おそらく、①publishされたことで、この術式は世界中の外科医誰でも行える状態となり、自分の専売特許ではなくなったこと、②評価は他の外科医が行って初めて決まっていくものであるという意味で、この術式はやっとスタート地点に立ったに過ぎないこと、などによるのだろう。

2022-6-16:Elsevierからメール。「ScienceDirectでも論文が見られるようになりました」と。ScienceDirectの中に論文が入ると、研究者からのアクセスがしやすくなるとのこと。

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